За свой богатый боевой путь с С-9 случались многие неприятности: у нее смывало за борт в шторм командира, она попадала под таран транспорта противника, затапливала через негерметичный рубочный люк центральный пост, но всегда чудесным образом возвращалась в базу.

Последнее боевое задание бывалой лодки под командованием капитана 3-ранга Александра Мыльникова, было весьма необычным. Нужно было дойти до немецкой противолодочной сети, которая перегораживала весь Финский залив и не давала советским подводным лодкам выйти в Балтику, и попытаться проделать в ней  брешь своими торпедами.

Скупые фразы радиограмм, которые отправляла лодка в ходе похода дают нам возможность понять ход событий последнего похода. С-9 успешно дошла до сети и выстрелила по ней торпедой, торпеда попала в сеть, но достаточного эффекта не обнаружилось. С-9 получила разрешение возвращаться в базу, и после этого бесследно пропала. И только выброшенное 4 сентября 1943 на берег острова Сескар подводника с С-9, позволило командованию окончательно понять, что лодка уже не вернется. Обследование лодки Разведывательно-водолазной командой в 2013 году установило, что лодка подорвалась  кормой на немецкой донной мине, но в носовой части лодки остались живые подводники, которые вышли на поверхность через пустой носовой торпедный аппарат. Сколько всего подводников покинуло лодку мы уже не узнаем, на берег выбросило тело только одного.